毛泽东曾嘉奖他说：“对水利这一行，他是钻进去了。”
文革期间，傅作义是少数被毛泽东批条子保护的国民党将领之一。当时总理害怕他受迫害，就派他到南方去视察水利工作，后来也一直受到毛主席和周总理的照顾，所以没有更多地受到造反派的冲击。
“一定要把淮河修好。”这是毛泽东在淮河大水后发出的战略号召，也是对傅作义的嘱托。
淮河处于黄河流域和长江之间，长期以来，一直不畅。1950年夏天，倾盆大雨向河南安徽交界处倾泻，一连数日没有停歇，塘堰漫溢，河水猛涨。毛泽东看到一封关于人和蛇都逃到树上，有的人在树上被毒蛇咬死的电报，落下了眼泪。两月之内，他接连在淮河水灾及治淮情况的电报上写了四封批示信给周恩来，他提出把目前防救和根本治淮结合起来，除防救外，须考虑根治办法。当时毛泽东认为，中国历史上好几个开国皇帝都出在淮河流域，刘邦是淮河流域沛县人，曹操是淮河流域亳县人，朱元漳是淮河流域凤阳人。其原因在于淮河流域天灾人祸多，是中国历史上农民起义的温床。为了新中国的安定，必须先把淮河治好。
8月25日，傅作义根据毛泽东主席根治淮河的指示，主持召开了治淮会议。经过反复研究和探讨，确定了根治淮河的“蓄泄兼筹，上中下游统兼顾”的基本方针。为加紧治淮工程进行，1951年3月17日，傅作义亲赴淮河上中下游视察，他查看了上游三个水库工程，三个洼地蓄洪工程，以及洪河、汝河整理工程，然后又视察了中下游的沿河坝防，蒙河洼地，润河集分水闸工程，东淝河、西淝河疏浚工程及涵闸工程，五玉河县的河道工程，洪泽湖的进出口，里运河堤防的培修和涵闸工程。还沿途慰问了广大民工和各地治淮干部，并举行座谈会，听取治淮工程意见。治淮工程是新中国成立后，傅作义主持的第一个大型治水工程。